El territorio departamental corresponde en su mayor parte a la península de la Guajira. El relieve incluye montañas, acantilados, planicies y dunas. La Guajira ha sido subdividida por su configuración territorial en tres grandes regiones de noreste a suroeste: Alta Guajira, Media Guajira y Baja Guajira.
La primera, situada en el extremo peninsular es semidesértica, de escasa vegetación, donde predominan los cactus y cardonales; y algunas serranías que no sobrepasan los 650 m sobre el nivel del mar, como la de Macuira, Jarará y El cerro de la Teta.
La segunda región, abarca la parte central del departamento, de relieve plano y ondulado, y un poco menos árido; predomina el modelado de dunas y arenales.
La tercera región, corresponde a la Sierra Nevada de Santa Marta y a los montes de Oca; es más húmeda, de tierras cultivables y posee todos los pisos térmicos. Son extensas y llamativas las planicies semidesérticas y las dunas cerca al mar. La faja costera guajira alternan trayectos de costa acantilada y de costa rectilínea; los principales accidentes costeros son, las bahías de Portete, Honda, Hondita y Cocineta, el cabo de La Vela, y las puntas Coco, Aguja y Gallina y la boca de Camarones.