Los peroxisomas intervienen en el metabolismo de los lípidos mediante los siguientes procesos, aunque no todos ellos ocurren en todos los organismos.
- a) -oxidación de los ácidos grasos.
Aproximadamente un 25% de los ácidos grasos se degradan en peroxisomas y el resto en mitocondrias. En ambos orgánulos este proceso conduce a la formación de acetil-CoA.

La diferencia reside en que, mientras en las mitocondrias la primera reacción oxidativa es catalizada por una deshidrogenasa, en los peroxisomas esta oxidación la realiza una oxidasa y genera energía térmica.

La oxidación del acil-CoA por el O2 forma H2O2, que es descompuesto por la catalasa.

Los acetil-CoA formados pasarán a diferentes rutas en las mitocondrias.(biosíntesis de azúcares, ciclo de Krebs).